Phylogenetic relationships in the tribes Schizopetaleae and Thelypodieae (Brassicaceae) based on nuclear ribosomal ITS region and plastid<i>ndh</i>F DNA sequences
Notice bibliographique
Résumé
Sequence data from the nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region and plastid gene ndhF of 95 species, represented by 147 accessions, were used to determine the tribal limits, monophyly status, and phylogenetic intra-tribal relationships of genera within the New World tribe Schizopetaleae (formerly Thelypodieae; Brassicaceae). Maximum parsimony, Bayesian, and maximum-likelihood analyses all support the separate recognition of three distinct and generally well-supported clades. The largest corresponds to the North–South American Thelypodieae (27 genera: Catadysia , Caulanthus , Chaunanthus , Chilocardamum , Chlorocrambe , Coelophragmus , Dictyophragmus , Dryopetalon , Englerocharis , Hesperidanthus , Mostacillastrum , Neuontobotrys , Polypsecadium , Pringlea , Pterygiosperma , Romanschulzia , Sibara , Sibaropsis , Stanleya , Streptanthella , Streptanthus , Thelypodiopsis , Thelypodium , Thysanocarpus , Warea , Weberbauera , and Werdermannia ). The remaining six South American Schizopetaleae genera were divided into two clades: SCHIZ I of four genera ( Aschersoniodoxa , Brayopsis , Eudema , and Onuris ) and SCHIZ II Schizopetaleae s. str.: Mathewsia , and Schizopetalon ). Resolution within the Thelypodieae clade was limited in both the ITS- and ndhF-based phylogenies. Based on ITS sequence data, elements of the Old World tribe Brassiceae were sister to the Thelypodieae, whereas the ndhF data strongly supported the Sisymbrieae as sister to the Thelypodieae, and the Brassiceae as sister to both tribes. Sister groups to the Schizopetaleae clades I and II were not clearly resolved. Morphological and cytological data support the separation of these three clades. In SCHIZ II, the sepals are always erect to form a closed tube, and the trichomes are mostly dendritic, although other types also occur. In both the Thelypodieae and SCHIZ I clades, the sepals are variously oriented but never form a closed tube, whereas the trichomes are either absent, or simple, forked, or rarely dendritic. The latter clade differs from both SCHIZ II and Thelypodieae by lacking trichomes or rarely having forked ones and by having exclusively basal, entire leaves. Thelypodieae circumscription should be restricted in future to the Thelypodieae clade, Schizopetaleae circumscription to the SCHIZ II clade, while a new tribe is needed for the SCHIZ I clade.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».