Thermodynamics and dynamics of amyloid peptide oligomerization are sequence dependent
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Notice bibliographique
Résumé
Aggregation of the full-length amyloid-beta (Abeta) and beta2-microglobulin (beta2m) proteins is associated with Alzheimer's disease and dialysis-related amyloidosis, respectively. This assembly process is not restricted to full-length proteins, however, many short peptides also assemble into amyloid fibrils in vitro. Remarkably, the kinetics of amyloid-fibril formation of all these molecules is generally described by a nucleation-polymerization process characterized by a lag phase associated with the formation of a nucleus, after which fibril elongation occurs rapidly. In this study, we report using long molecular dynamics simulations with the OPEP coarse-grained force field, the thermodynamics and dynamics of the octamerization for two amyloid 7-residue peptides: the beta2m83-89 NHVTLSQ and Abeta16-22 KLVFFAE fragments. Based on multiple trajectories run at 310 K, totaling 2.2 mus (beta2m83-89) and 4.8 mus (Abeta16-22) and starting from random configurations and orientations of the chains, we find that the two peptides not only share common but also very different aggregation properties. Notably, an increase in the hydrophobic character of the peptide, as observed in Abeta16-22 with respect to beta2m83-89 impacts the thermodynamics by reducing the population of bilayer beta-sheet assemblies. Higher hydrophobicity is also found to slow down the dynamics of beta-sheet formation by enhancing the averaged lifetime of all configuration types (CT) and by reducing the complexity of the CT transition probability matrix. Proteins 2009. (c) 2008 Wiley-Liss, Inc.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle