Group IIC intron mobility into <i>attC</i> sites involves a bulged DNA stem–loop motif
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial group IIC introns are a subclass of group II intron ribozymes that are typically located downstream from transcriptional terminators. Class IIC-attC introns constitute a monophyletic subset of subgroup IIC, which preferentially insert into site-specific recombination sequences for integron integrases (attC). attCs are a diverse family of nucleotide sequences composed of conserved inverted repeats that flank a variable, but palindromic, central region. In this study, we used both PCR and colony patch hybridization methods to determine the basis for recognition of the attC(aadA1) stem-loop motif by the Serratia marcescens intron (S.ma.I2) in vivo. The quantitative results showed that mobility into the wild-type site occurs at a frequency of 18%, and is strongly biased by the orientation of the homing site relative to the direction of DNA replication. S.ma.I2 mobility results into mutant attC(aadA1) sites are consistent with recognition of stem-loop motifs in unwound DNA. The homing frequency results showed that, while the entire attC sequence is not necessary for recognition of the insertion site, short deletions of the attC stem-loop motif inhibited the intron mobility. Moreover, our data show that S.ma.I2 requires a bulged base in the folded attC stem for high homing frequency. We demonstrate that the IBS1/IBS3 motifs and two bulge bases conserved among attCs determine S.ma.I2 homing specificity for the attC bottom strand. These results suggest that class IIC-attC introns tolerate attC variation by recognition of a bulged hairpin DNA motif rather than a specific sequence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».