Comparison between Protonation, Lithiation, and Argentination of 5-Oxazolones: A Study of a Key Intermediate in Gas-Phase Peptide Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Molecular orbital calculations at B3LYP/6-31++G(d,p) are reported for bases 2-(aminomethyl)-5-oxazolone, 2-(aminomethyl)-4-methyl-5-oxazolone, 2-phenyl-5-oxazolone, and 2-phenyl-4 methyl-5-oxazolone and for the cations formed by protonation of these bases on their imino nitrogens. Structures and relative energies for isomers generated by protonation at each of the four heteroatoms of 2-(aminomethyl)-5-oxazolone are reported. Lithium and silver cations both add to 2-(aminomethyl)-5-oxazolone, but unlike the proton, they bind with two heteroatoms simultaneously. For both the lithiated and argentinated 2-(aminomethyl)-5-oxazolone cations the lowest energy isomers have the metal coordinated with the two nitrogen atoms. Proton affinities of these bases are in the range 217.0−221 kcal mol -1, with the methyl group at C 4 increasing the proton affinity by ∼3 kcal mol -1 . Single-point calculations were performed at MP4(fc)/6-311++G(2df,p)//B3LYP/6-31++G(d,p) for 2-(aminomethyl)-5-oxazolone, diketopiperazine, glycine, and alanine and their conjugate acids. The proton affinities from this level of theory are lower by as much as 2.7 kcal mol -1 than those calculated at B3LYP/6-31++G(d,p). Enthalpies of formation calculated at B3LYP/6-31++G(d,p) from isodesmic reactions for glycine, alanine, and their conjugate acids are all within 1 kcal mol -1 of the experimental values, but those calculated at MP4 deviate by as much as 4.8 kcal mol -1 . Enthalpies of formation from atomization reactions at the MP4 level are in larger disagreement with experimental values.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».