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Enregistrement W2156543913 · doi:10.1093/sysbio/syr028

Improved Least Squares Topology Testing and Estimation

2011· article· en· W2156543913 sur OpenAlexaff
Edward Susko

Notice bibliographique

RevueSystematic Biology · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueStructural Health Monitoring Techniques
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNetwork topologyCovarianceSet (abstract data type)MathematicsGeneralized least squaresParametric statisticsCovariance matrixAlgorithmMathematical optimizationComputer scienceStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Generalized least squares (GLS) methods provide a relatively fast means of constructing a confidence set of topologies. Because they utilize information about the covariances between distances, it is reasonable to expect additional efficiency in estimation and confidence set construction relative to other least squares (LS) methods. Difficulties have been found to arise in a number of practical settings due to estimates of covariance matrices being ill conditioned or even noninvertible. We present here new ways of estimating the covariance matrices for distances that are much more likely to be positive definite, as the actual covariance matrices are. A thorough investigation of performance is also conducted. An alternative to GLS that has been proposed for constructing confidence sets of topologies is weighted least squares (WLS). As currently implemented, this approach is equivalent to the use of GLS but with covariances set to zero rather than being estimated. In effect, this approach assumes normality of the estimated distances and zero covariances. As the results here illustrate, this assumption leads to poor performance. A 95% confidence set is almost certain to contain the true topology but will contain many more topologies than are needed. On the other hand, the results here also indicate that, among LS methods, WLS performs quite well at estimating the correct topology. It turns out to be possible to improve the performance of WLS for confidence set construction through a relatively inexpensive normal parametric bootstrap that utilizes the same variances and covariances of GLS. The resulting procedure is shown to perform at least as well as GLS and thus provides a reasonable alternative in cases where covariance matrices are ill conditioned.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,702
Score d'incertitude au seuil0,344

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,048
Tête enseignante GPT0,287
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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