Emulsion PCR Significantly Improves Nonequilibrium Capillary Electrophoresis of Equilibrium Mixtures-Based Aptamer Selection: Allowing for Efficient and Rapid Selection of Aptamer to Unmodified ABH2 Protein
Notice bibliographique
Résumé
Nonequilibrium capillary electrophoresis of equilibrium mixtures (NECEEM), a homogeneous approach to select DNA aptamers, is among the most efficient partitioning techniques. In contrast with surface-based systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) approaches, the ability of NECEEM to select aptamers to unmodified proteins in solution is preferable for identifying aptamers for eventual in vivo use. The high stringency and low sample volumes of NECEEM, although generally beneficial, can result in binding of very few aptamers, requiring highly efficient amplification to propagate them. When amplified with standard PCR, detectable library enrichment can fail due to the fast conversion of the aptamers into byproducts and preferential amplification of nonbinders. As an alternative, we proposed the use of emulsion PCR (ePCR), which is known to reduce byproduct formation, as a PCR mode for coupling with NECEEM partitioning. For the first time, we tested the advantages of ePCR in NECEEM-based aptamer selection to a medically relevant DNA repair enzyme, ABH2. We report that the combination of ePCR with NECEEM allowed for the selection of aptamers in the first three rounds of SELEX, while SELEX with conventional PCR failed in a number of attempts. Selected aptamers to an unmodified ABH2 protein have potential use in diagnostics and as leads for anticancer cotherapies, used as enhancements of alkylating agents in chemotherapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».