Combinatorial exploration of the catalytic site of a drug-resistant dihydrofolate reductase: creating alternative functional configurations
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
We have applied a global approach to enzyme active site exploration, where multiple mutations were introduced combinatorially at the active site of Type II R67 dihydrofolate reductase (R67 DHFR), creating numerous new active site environments within a constant framework. By this approach, we combinatorially modified all 16 principal amino acids that constitute the active site of this enzyme. This approach is fundamentally different from active site point mutation in that the native active site context is no longer accounted for. Among the 1536 combinatorially mutated active site variants of R67 DHFR we created, we selected and kinetically characterized three variants with highly altered active site compositions. We determined that they are of high fitness, as defined by a complex function consisting jointly of catalytic activity and resistance to trimethoprim. The k(cat) and K(M) values were similar to those for the native enzyme. The favourable Delta(DeltaG) values obtained (ranging from -0.72 to -1.08 kcal/mol) suggest that, despite their complex mutational pattern, no fundamental change in the catalytic mechanism has occurred. We illustrate that combinatorial active site mutagenesis can allow for the creation of compensatory mutations that could not be predicted and thus provides a route for more extensive exploration of functional sequence space than is allowed by point mutation.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle