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Enregistrement W2157589122 · doi:10.1371/journal.pgen.1002298

Identification, Replication, and Fine-Mapping of Loci Associated with Adult Height in Individuals of African Ancestry

2011· review· en· W2157589122 sur OpenAlexafffund
Amidou N’Diaye, Gary K. Chen, Cameron D. Palmer, Bing Ge, Bamidele O. Tayo, Rasika A. Mathias, Jingzhong Ding, Michael A. Nalls, Adebowale Adeyemo, Véronique Adoue, Christine B. Ambrosone, Larry D. Atwood, Elisa V. Bandera, Lewis C. Becker, Sonja I. Berndt, Leslie Bernstein, William J. Blot, Eric Boerwinkle, Angela Britton, Graham Casey, Stephen J. Chanock, Ellen W. Demerath, Sandra L. Deming, W. Ryan Diver, Caroline S. Fox, Tamara B. Harris, Dena Hernández, Jennifer J. Hu, Sue A. Ingles, Esther M. John, Craig Johnson, Brendan J. Keating, Rick A. Kittles, Laurence N. Kolonel, Stephen B. Kritchevsky, Loı̈c Le Marchand, Kurt Lohman, Jiankang Liu, Robert C. Millikan, Adam B. Murphy, Solomon K. Musani, Christine Neslund‐Dudas, Kari E. North, Sarah J. Nyante, Adesola Ogunniyi, Elaine A. Ostrander, George Papanicolaou, Sanjay R. Patel, Curtis A. Pettaway, Michael F. Press, Susan Redline, Jorge L. Rodriguez‐Gil, Charles N. Rotimi, Benjamin A. Rybicki, Babatunde Salako, Pamela J. Schreiner, Lisa B. Signorello, Andrew B. Singleton, Janet L. Stanford, Alex Stram, Daniel O. Stram, Sara S. Strom, Bhoom Suktitipat, Michael J. Thun, John S. Witte, Lisa R. Yanek, Regina G. Ziegler, Wei Zheng, Xiaofeng Zhu, Joseph M. Zmuda, Alan B. Zonderman, Michele K. Evans, Ching‐Ti Liu, Diane M. Becker, Tomi Pastinen, Brian E. Henderson, Joel N. Hirschhorn, Guillaume Lettre, Christopher A. Haiman

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2011
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversité de MontréalMcGill University and Génome Québec Innovation CentreMontreal Heart Institute
Organismes subventionnairesMedical Research and Materiel CommandEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of General Medical SciencesNational Institute of Nursing ResearchNational Cancer InstituteNational Institute on AgingNational Center on Minority Health and Health DisparitiesNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteCanadian Institutes of Health ResearchU.S. Department of DefenseDepartment of Chemicals and Petrochemicals, Ministry of Chemicals and Fertilizers, IndiaU.S. Public Health ServiceVanderbilt UniversityNational Institutes of HealthMinisterio de Economía y CompetitividadVanderbilt-Ingram Cancer CenterMarch of Dimes FoundationAmerican Cancer SocietyBreast Cancer Research FoundationNational Institute on Minority Health and Health DisparitiesNational Center for Research ResourcesU.S. Army
Mots-clésBiologySingle-nucleotide polymorphismGeneticsGenome-wide association studyGenetic genealogyHeritabilityGenetic associationEvolutionary biologyGeneGenotypeDemographyPopulation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Adult height is a classic polygenic trait of high heritability (h(2) approximately 0.8). More than 180 single nucleotide polymorphisms (SNPs), identified mostly in populations of European descent, are associated with height. These variants convey modest effects and explain approximately10% of the variance in height. Discovery efforts in other populations, while limited, have revealed loci for height not previously implicated in individuals of European ancestry. Here, we performed a meta-analysis of genome-wide association (GWA) results for adult height in 20,427 individuals of African ancestry with replication in up to 16,436 African Americans. We found two novel height loci (Xp22-rs12393627, P = 3.4×10(-12) and 2p14-rs4315565, P = 1.2×10(-8)). As a group, height associations discovered in European-ancestry samples replicate in individuals of African ancestry (P = 1.7×10(-4) for overall replication). Fine-mapping of the European height loci in African-ancestry individuals showed an enrichment of SNPs that are associated with expression of nearby genes when compared to the index European height SNPs (P<0.01). Our results highlight the utility of genetic studies in non-European populations to understand the etiology of complex human diseases and traits.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,723
Score d'incertitude au seuil0,943

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,062
Tête enseignante GPT0,302
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations109
Publié2011
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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