Growth Substrate- and Phase-Specific Expression of Biphenyl, Benzoate, and C <sub>1</sub> Metabolic Pathways in <i>Burkholderia xenovorans</i> LB400
Notice bibliographique
Résumé
Recent microarray experiments suggested that Burkholderia xenovorans LB400, a potent polychlorinated biphenyl (PCB)-degrading bacterium, utilizes up to three apparently redundant benzoate pathways and a C(1) metabolic pathway during biphenyl and benzoate metabolism. To better characterize the roles of these pathways, we performed quantitative proteome profiling of cells grown on succinate, benzoate, or biphenyl and harvested during either mid-logarithmic growth or the transition between the logarithmic and stationary growth phases. The Bph enzymes, catabolizing biphenyl, were approximately 16-fold more abundant in biphenyl- versus succinate-grown cells. Moreover, the upper and lower bph pathways were independently regulated. Expression of each benzoate pathway depended on growth substrate and phase. Proteins specifying catabolism via benzoate dihydroxylation and catechol ortho-cleavage (ben-cat pathway) were approximately an order of magnitude more abundant in benzoate- versus biphenyl-grown cells at the same growth phase. The chromosomal copy of the benzoyl-coenzyme A (CoA) (box(C)) pathway was also expressed during growth on biphenyl: Box(C) proteins were approximately twice as abundant as Ben and Cat proteins under these conditions. By contrast, proteins of the megaplasmid copy of the benzoyl-CoA (box(M)) pathway were only detected in transition-phase benzoate-grown cells. Other proteins detected at increased levels in benzoate- and biphenyl-grown cells included general stress response proteins potentially induced by reactive oxygen species formed during aerobic aromatic catabolism. Finally, C(1) metabolic enzymes were present in biphenyl-grown cells during transition phase. This study provides insights into the physiological roles and integration of apparently redundant catabolic pathways in large-genome bacteria and establishes a basis for investigating the PCB-degrading abilities of this strain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».