Rapid spread of <i>Clostridium difficile</i> NAP1/027/ST1 in Chile confirms the emergence of the epidemic strain in Latin America
Notice bibliographique
Résumé
Clostridium difficile infection has gained importance in recent years as a result of the rapid spread of epidemic strains, including hypervirulent strains. This study reports the molecular epidemiology of C. difficile obtained from hospitalized patients in Chile. Seven hundred and nineteen isolates of toxigenic C. difficile from 45 hospitals across the country were characterized through toxin profile, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and sequencing of the tcdC gene. In addition, polymerase chain reaction (PCR) ribotyping and multilocus sequence typing (MLST) were performed on a subset of selected strains. PFGE typing of 719 isolates of C. difficile produced 60 PFGE patterns (subtypes). Subtype 1 was predominant (79% of isolates) and related to the hypervirulent strain (NAP1). Subtype 1 showed 73% relatedness with nine other subtypes, which had a similar tcdC deletion. Subtype 1 corresponded to ribotype 027 and ST1. This report shows the wide dissemination of the hypervirulent strain NAP1/027/ST1 in Chile.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».