Molecular phylogenetics of the Chytridiomycota supports the utility of ultrastructural data in chytrid systematics
Notice bibliographique
Résumé
The chytrids (Chytridiomycota) are morphologically simple aquatic fungi that are unified by their possession of zoospores that typically have a single, posteriorly directed flagellum. This study addresses the systematics of the chytrids by generating a phylogeny of ribosomal DNA sequences coding for the small subunit gene of 54 chytrids, with emphasis on sampling the largest order, the Chytridiales. Selected chytrid sequences were also compared with sequences from Zygomycota, Ascomycota, and Basidiomycota to derive an overall fungal phylogeny. These analyses show that the Chytridiomycota is probably not a monophyletic group; the Blastocladiales cluster with the Zygomycota. Analyses did not resolve relationships among chytrid orders, or among clades within the Chytridiales, which suggests that the divergence times of these groups may be ancient. Four clades were well supported within the Chytridiales, and each of these clades was coincident with a group previously identified by possession of a common subtype of zoospore ultrastructure. In contrast, the analyses revealed homoplasy in several developmental and zoosporangial characters.Key words: zoospore ultrastructure, Chytridiales, molecular phylogeny, Chytridiomycota, operculum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».