Distribution of Insertion Sequences Associated with Tn <i>1546</i> -Like Elements among <i>Enterococcus faecium</i> Isolates from Patients in Korea
Notice bibliographique
Résumé
The vanA gene cluster is carried as a part of Tn1546-like elements. The genetic diversity in Tn1546-like elements has been documented previously. The differences described thus far have included the integration of insertion sequence (IS) elements IS1216V, IS1251, IS1476, and IS1542. Among these, IS1216V has been reported to be widespread in VanA enterococci of diverse geographic areas, whereas IS1542 and IS1476 have been reported only in the United Kingdom and Canada, respectively. We investigated the distribution of ISs among 20 vanA-containing Enterococcus faecium isolates from human patients in nine different university hospitals in Korea. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) was performed to identify the clonality of the isolates. Moreover, PCR amplification of the internal regions of Tn1546 was performed for structural analysis of the van gene, and both DNA strands of the PCR amplicons were directly sequenced by the dideoxy termination method. The PFGE patterns revealed a high degree of clonal diversity. Structural analyses of the van gene detected IS1542 and IS1216V in the genomes of all 20 isolates, whereas it did not detect IS1476 or IS1251 in the genomes of any of the isolates. In addition, IS19 was detected in the vanS-vanH intergenic region of one isolate. These data indicate that identification of the IS within a vanA gene cluster could be a useful tool in epidemiological investigations. In addition, the distribution of ISs associated with Tn1546-like elements among the Korean isolates is therefore similar to that among European vancomycin-resistant enterococci.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».