Solution structure of acyl carrier protein from <i>Nitrosomonas europaea</i>
Notice bibliographique
Résumé
Here, we report the solution structure of Q82SY3 from Nitrosomonas europaea. N. europaea is a Gram-negative bacterium with the interesting capability to derive all its energy from oxidation of ammonia to nitrite. It lives in several places such as soil, sewage, fresh water, walls of buildings, and on the surface of monuments, especially in polluted areas where air contains high levels of nitrogen compounds. N. europaea and other ammonia-oxidizing bacteria play a very crucial role in the biogeochemical nitrogen fixing cycle, that is, biological conversion of reduced nitrogen in the form of ammonia or ammonium to oxidized nitrogen in the form of nitrite, nitrate, or gaseous forms (NO, N 2 O), which in turn, enhances nitrogen availability to plants and waste water 1 treatment. We believe Q82SY3 is likely to be an acyl carrier protein (ACP) based on its structural similarity with such proteins from other organisms such as Escherichia coli and the presence of a conserved "DS" motif. In Figure ACP is a small protein family involved in fatty acid biosynthesis. ACP is a cytosolic transport protein that carries fatty acid via thioester linkage facilitated by the conserved serine residue for chain elongation by fatty acid synthase system. In addition to its function as a carrier protein, ACP could also modulate activities of the enzymatic system involved in fatty acid synthesis. Evidence suggests that substituting ACP from one organism to another yields significant variation in the fatty acid distribution. Involvement of ACPs in fatty acid biosynthesis and antibiotic biosynthesis warrants the study of the structure-function relationships of this class of proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».