Mitochondrial DNA sequence variation among geographical isolates of <i>Opisthorchis viverrini</i> in Thailand and Lao PDR, and phylogenetic relationships with other trematodes
Notice bibliographique
Résumé
The present study compared the genetic variation among 14 different geographical isolates of Opisthorchis viverrini sensu lato from Thailand and Lao PDR using sequence data for 2 mitochondrial DNA genes, the subunit 1 of NADH dehydrogenase gene (nad1) and cytochrome c oxidase gene (cox1). Four different nad1 haplotypes were detected among isolates, all of which were identical at the amino acid sequence level. Nucleotide sequence variation among 14 isolates ranged from 0 to 0.3% for nad1. Two different cox1 haplotypes were detected among isolates. These two haplotypes differed at 2 nucleotide positions, one of which resulted in a change in the amino acid sequence. Nucleotide sequence variation among isolates for cox1 ranged from 0 to 0.5%. Comparison of cox1 sequences of O. viverrini to those of other trematodes revealed nucleotide differences of 13-31%. A phylogenetic analysis of the cox1 sequence data revealed strong statistical support for a clade containing O. viverrini and 2 other species of opisthorchid trematodes; O. felineus and Clonorchis sinsensis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».