Genome of Acanthamoeba castellanii highlights extensive lateral gene transfer and early evolution of tyrosine kinase signaling
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The Amoebozoa constitute one of the primary divisions of eukaryotes, encompassing taxa of both biomedical and evolutionary importance, yet its genomic diversity remains largely unsampled. Here we present an analysis of a whole genome assembly of Acanthamoeba castellanii (Ac) the first representative from a solitary free-living amoebozoan. RESULTS: Ac encodes 15,455 compact intron-rich genes, a significant number of which are predicted to have arisen through inter-kingdom lateral gene transfer (LGT). A majority of the LGT candidates have undergone a substantial degree of intronization and Ac appears to have incorporated them into established transcriptional programs. Ac manifests a complex signaling and cell communication repertoire, including a complete tyrosine kinase signaling toolkit and a comparable diversity of predicted extracellular receptors to that found in the facultatively multicellular dictyostelids. An important environmental host of a diverse range of bacteria and viruses, Ac utilizes a diverse repertoire of predicted pattern recognition receptors, many with predicted orthologous functions in the innate immune systems of higher organisms. CONCLUSIONS: Our analysis highlights the important role of LGT in the biology of Ac and in the diversification of microbial eukaryotes. The early evolution of a key signaling facility implicated in the evolution of metazoan multicellularity strongly argues for its emergence early in the Unikont lineage. Overall, the availability of an Ac genome should aid in deciphering the biology of the Amoebozoa and facilitate functional genomic studies in this important model organism and environmental host.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».