Genetic differentiation, recombination and clonal expansion in environmental populations of <i>Cryptococcus gattii</i> in India
Notice bibliographique
Résumé
Cryptococcus gattii is a ubiquitous eukaryotic pathogen capable of causing life-threatening infections in a wide variety of hosts, including both immunocompromised and immunocompetent humans. Since infections by C. gattii are predominantly obtained from environmental exposures, understanding environmental populations of this pathogen is critical, especially in countries like India with a large population and with environmental conditions conducive for the growth of C. gattii. In this study, we analysed 109 isolates of C. gattii obtained from hollows of nine tree species from eight geographic locations in India. Multilocus sequence typing was conducted for all isolates using nine gene fragments. All 109 isolates belonged to the VGI group and were mating type α. Population genetic analyses revealed limited evidence of recombination but unambiguous evidence for clonal reproduction and expansion. However, the observed clonal expansion has not obscured the significant genetic differentiation among populations from either different geographic areas or different host tree species. A positive correlation was observed between genetic distance and geographic distance. The results obtained here for environmental populations of C. gattii showed both similarities and differences with those of the closely related Cryptococcus neoformans var. grubii from similar locations and host tree species in India.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».