Genomic Analysis Distinguishes <i>Mycobacterium africanum</i>
Notice bibliographique
Résumé
Mycobacterium africanum is thought to comprise a unique species within the Mycobacterium tuberculosis complex. M. africanum has traditionally been identified by phenotypic criteria, occupying an intermediate position between M. tuberculosis and M. bovis according to biochemical characteristics. Although M. africanum isolates present near-identical sequence homology to other species of the M. tuberculosis complex, several studies have uncovered large genomic regions variably deleted from certain M. africanum isolates. To further investigate the genomic characteristics of organisms characterized as M. africanum, the DNA content of 12 isolates was interrogated by using Affymetrix GeneChip. Analysis revealed genomic regions of M. tuberculosis deleted from all isolates of putative diagnostic and biological consequence. The distribution of deleted sequences suggests that M. africanum subtype II isolates are situated among strains of "modern" M. tuberculosis. In contrast, other M. africanum isolates (subtype I) constitute two distinct evolutionary branches within the M. tuberculosis complex. To test for an association between deleted sequences and biochemical attributes used for speciation, a phenotypically diverse panel of "M. africanum-like" isolates from Guinea-Bissau was tested for these deletions. These isolates clustered together within one of the M. africanum subtype I branches, irrespective of phenotype. These results indicate that convergent biochemical profiles can be independently obtained for M. tuberculosis complex members, challenging the traditional approach to M. tuberculosis complex speciation. Furthermore, the genomic results suggest a rational framework for defining M. africanum and provide tools to accurately assess its prevalence in clinical specimens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».