An Integrated Approach to Functional Genomics: Construction of a Novel Reporter Gene Fusion Library for<i>Sinorhizobium meliloti</i>
Notice bibliographique
Résumé
As a means of investigating gene function, we developed a robust transcription fusion reporter vector to measure gene expression in bacteria. The vector, pTH1522, was used to construct a random insert library for the Sinorhizobium meliloti genome. pTH1522 replicates in Escherichia coli and can be transferred to, but cannot replicate in, S. meliloti. Homologous recombination of the DNA fragments cloned in pTH1522 into the S. meliloti genome generates transcriptional fusions to either the reporter genes gfp(+) and lacZ or gusA and rfp, depending on the orientation of the cloned fragment. Over 12,000 fusion junctions in 6,298 clones were identified by DNA sequence analysis, and the plasmid clones were recombined into S. meliloti. Reporter enzyme activities following growth of these recombinants in complex medium (LBmc) and in minimal medium with glucose or succinate as the sole carbon source allowed the identification of genes highly expressed under one or more growth condition and those expressed at very low to background levels. In addition to generating reporter gene fusions, the vector allows Flp recombinase-directed deletion formation and gene disruption, depending on the nature of the cloned fragment. We report the identification of genes essential for growth on complex medium as deduced from an inability to recover recombinants from pTH1522 clones that carried fragments internal to gene or operon transcripts. A database containing all the gene expression activities together with a web interface showing the precise locations of reporter fusion junctions has been constructed (www.sinorhizobium.org).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».