BioGRID: a general repository for interaction datasets

2005· article· en· 4 123 citations· W2163485494 sur OpenAlex· 10.1093/nar/gkj109

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Résumé

Access to unified datasets of protein and genetic interactions is critical for interrogation of gene/protein function and analysis of global network properties. BioGRID is a freely accessible database of physical and genetic interactions available at http://www.thebiogrid.org. BioGRID release version 2.0 includes >116 000 interactions from Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster and Homo sapiens. Over 30 000 interactions have recently been added from 5778 sources through exhaustive curation of the Saccharomyces cerevisiae primary literature. An internally hyper-linked web interface allows for rapid search and retrieval of interaction data. Full or user-defined datasets are freely downloadable as tab-delimited text files and PSI-MI XML. Pre-computed graphical layouts of interactions are available in a variety of file formats. User-customized graphs with embedded protein, gene and interaction attributes can be constructed with a visualization system called Osprey that is dynamically linked to the BioGRID.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

La notice

Revue: Nucleic Acids Research
Thématique: Bioinformatics and Genomic Networks
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: Ontario Institute for Cancer ResearchPrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnaires: National Cancer InstituteCanadian Institutes of Health ResearchTerry Fox Foundation
Mots-clés: BiologyGraphical user interfaceVisualizationComputational biologyGene interactionDrosophila melanogasterSaccharomyces cerevisiaeUser interfaceComputer scienceGeneGeneticsData miningOperating system
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W2163485494