<i>Setdb1</i> is required for germline development and silencing of H3K9me3-marked endogenous retroviruses in primordial germ cells
Notice bibliographique
Résumé
Transcription of endogenous retroviruses (ERVs) is inhibited by de novo DNA methylation during gametogenesis, a process initiated after birth in oocytes and at approximately embryonic day 15.5 (E15.5) in prospermatogonia. Earlier in germline development, the genome, including most retrotransposons, is progressively demethylated. Young ERVK and ERV1 elements, however, retain intermediate methylation levels. As DNA methylation reaches a low point in E13.5 primordial germ cells (PGCs) of both sexes, we determined whether retrotransposons are marked by H3K9me3 and H3K27me3 using a recently developed low-input ChIP-seq (chromatin immunoprecipitation [ChIP] combined with deep sequencing) method. Although these repressive histone modifications are found predominantly on distinct genomic regions in E13.5 PGCs, they concurrently mark partially methylated long terminal repeats (LTRs) and LINE1 elements. Germline-specific conditional knockout of the H3K9 methyltransferase SETDB1 yields a decrease of both marks and DNA methylation at H3K9me3-enriched retrotransposon families. Strikingly, Setdb1 knockout E13.5 PGCs show concomitant derepression of many marked ERVs, including intracisternal A particle (IAP), ETn, and ERVK10C elements, and ERV-proximal genes, a subset in a sex-dependent manner. Furthermore, Setdb1 deficiency is associated with a reduced number of male E13.5 PGCs and postnatal hypogonadism in both sexes. Taken together, these observations reveal that SETDB1 is an essential guardian against proviral expression prior to the onset of de novo DNA methylation in the germline.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».