Molecular Characteristics of Extended-Spectrum-β-Lactamase-Producing <i>Escherichia coli</i> Isolates Causing Bacteremia in the Calgary Health Region from 2000 to 2007: Emergence of Clone ST131 as a Cause of Community-Acquired Infections
Notice bibliographique
Résumé
A study was designed to characterize extended-spectrum-beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli isolates causing bacteremia over an 8-year period (2000 to 2007) in a large well-defined geographical region. Molecular characterization was done by using isoelectric focusing; PCR; and sequencing of the bla(CTX-M)-, bla(TEM)-, bla(OXA)-, bla(SHV)-, and plasmid-mediated quinolone resistance determinants. Genetic relatedness was determined by pulsed-field electrophoresis with XbaI and multilocus sequence typing. A total of 67 patients with incident bloodstream infections were identified, and the majority presented with community-acquired infections involving the urinary and biliary tracts. Of the 67 ESBL-producing E. coli isolates recovered, 60 (90%) were positive for bla(CTX-M) genes; 32 (48%) produced CTX-M-15, 25 (37%) produced CTX-M-14, 1 (2%) produced CTX-M-24, 1 (2%) produced CTX-M-2, and 1 (2%) produced CTX-M-3, while 2 (3%) produced TEM-52 and 5 (7%) produced SHV-2. Twenty-four (36%) isolates were positive for aac(6')-Ib-cr. The majority of isolates were resistant to ciprofloxacin (60 [90%] isolates) and gentamicin (40 [60%] isolates). The occurrence of ESBL-producing isolates was stable during the first 5 years, but there was a substantial increase from 2005 to 2007, mostly due to clone ST131, which produces CTX-M-15 and CTX-M-14, in blood cultures submitted from the community. Our results illustrated that E. coli clone ST131, which coproduces CTX-M-15, OXA-1, TEM-1, and aac(6')-Ib-cr, has emerged as an important cause of community-onset bacteremia caused by ESBL-producing E. coli isolates; and this is the first study to identify CTX-M-14 in E. coli clone ST131.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».