Identification and characterization of TGFβ-dependent and -independent cis-regulatory modules in the C4ST-1/CHST11 locus
Notice bibliographique
Résumé
Chondroitin-4-sulfotransferase-1(C4ST-1)/carbohydrate sulfotransferase 11 (CHST11) is a Golgi-bound enzyme involved in the biosynthesis of the glycosaminoglycan chondroitin sulfate. The sulfation pattern of chondroitin is tightly regulated during development, injury and disease, with the temporal and spatial expression of chondroitin sulfotransferase genes believed to be a crucial determinant of the fine balance of chondroitin sulfation. We have previously identified mouse C4st-1 as a target gene of ligands of the TGFbeta superfamily of growth factors, which could positively regulate C4st-1 expression in a number of cell types. We have also shown that a gene trap loss-of-function mutation in C4st-1 leads to severe skeletal abnormalities during mouse embryogenesis. In addition, we described a highly specific temporal and spatial expression pattern of C4st-1 during mouse embryogenesis. However, the transcriptional regulatory mechanisms that control C4st-1 gene expression remain unexplored. In order to gain knowledge on the transcriptional regulation of C4ST-1, we used a bioinformatical approach to identify conserved putative long-range cis-regulatory modules in a region of 120 kb spanning the 5' end of the C4ST-1 gene. Luciferase reporter assays in human HEK293T and mouse NmuMG cells identified a functional C4ST-1 promoter, as well as a number of cis-regulatory modules able to positively and negatively regulate C4ST-1 expression. Moreover, we identified TGFbeta- responsive regulatory modules that can function in a cell type-specific fashion. Taken together, our results identify TGFbeta-dependent and -independent cis-regulatory modules of the C4ST-1 gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».