An empirical exploration of data quality in DNA‐based population inventories
Notice bibliographique
Résumé
I present data from 21 population inventory studies - 20 of them on bears - that relied on the noninvasive collection of hair, and review the methods that were used to prevent genetic errors in these studies. These methods were designed to simultaneously minimize errors (which can bias estimates of abundance) and per-sample analysis effort (which can reduce the precision of estimates by limiting sample size). A variety of approaches were used to probe the reliability of the empirical data, producing a mean, per-study estimate of no more than one undetected error in either direction (too few or too many individuals identified in the laboratory). For the type of samples considered here (plucked hair samples), the gain or loss of individuals in the laboratory can be reduced to a level that is inconsequential relative to the more universal sources of bias and imprecision that can affect mark-recapture studies, assuming that marker systems are selected according to stated guidelines, marginal samples are excluded at an early stage, similar pairs of genotypes are scrutinized, and laboratory work is performed with skill and care.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,340 | 0,724 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,010 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,015 |
| Communication savante | 0,007 | 0,012 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».