Characterization of Toxin A-Negative, Toxin B-Positive <i>Clostridium difficile</i> Isolates from Outbreaks in Different Countries by Amplified Fragment Length Polymorphism and PCR Ribotyping
Notice bibliographique
Résumé
Clinical Clostridium difficile isolates of patients with diarrhea or pseudomembranous colitis usually produce both toxin A and toxin B, but an increasing number of reports mention infections due to toxin A-negative, toxin B-positive (A(-)/B(+)) strains. Thirty-nine clinical toxin A(-)/B(+) isolates, and 12 other unrelated isolates were obtained from Canada, the United States, Poland, the United Kingdom, France, Japan, and The Netherlands. The isolates were investigated by high-resolution genetic fingerprinting by use of amplified fragment length polymorphism (AFLP) and two well-described PCR ribotyping methods. Furthermore, the toxin profile and clindamycin resistance were determined. Reference strains of C. difficile representing 30 known serogroups were also included in the analysis. AFLP discriminated 29 types among the reference strains, whereas the two PCR ribotyping methods distinguished 25 and 26 types. The discriminatory power of AFLP and PCR ribotyping among 12 different unrelated isolates was similar. Typing of 39 toxin A(-)/B(+) isolates revealed 2 AFLP types and 2 and 3 PCR ribotypes. Of 39 toxin A(-)/B(+) isolates, 37 had PCR ribotype 017/20 and AFLP type 20 (95%). A deletion of 1.8 kb was seen in 38 isolates, and 1 isolate had a deletion of approximately 1.7 kb in the tcdA gene, which encodes toxin A. Clindamycin resistance encoded by the erm(B) gene was found in 33 of 39 toxin A(-)/B(+) isolates, and in 2 of the 12 unrelated isolates (P < 0.001, chi-square test). We conclude that clindamycin-resistant C. difficile toxin A(-)/B(+) strain (PCR ribotype 017/20, AFLP type 20, serogroup F) has a clonal worldwide spread.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».