Molecular typing of Mycobacterium intracellulare using multilocus variable-number of tandem-repeat analysis: identification of loci and analysis of clinical isolates
Notice bibliographique
Résumé
In addition to its known status as a disseminated disease in HIV-positive patients, Mycobacterium avium complex (MAC) is increasingly recognized as a causative pathogen of respiratory disease in HIV-negative patients. MAC is divided into Mycobacterium avium, and the less-epidemiologically studied Mycobacterium intracellulare. Genetic typing for M. intracellulare using variable number of tandem repeats (VNTR) has not yet been developed. The aim of this study was to identify VNTR loci in the genome of M. intracellulare and apply them as an epidemiological tool to clinical isolates. Here, we identified 25 VNTR loci on the M. intracellulare genome, of which 16 showed variations among clinical isolates in the number of tandem repeat motifs. Among the 74 M. intracellulare isolates, 50 genotypes were distinguished using the 16 VNTR loci, resulting in a Hunter Gaston's discriminatory index of 0.988. Moreover, all 16 VNTR loci were stable in different sets of isolates recovered within time intervals ranging from 2 to 1551 days from 14 separate patients. These results indicate that for use as epidemiological markers of M. intracellulare, the loci in this VNTR assay are highly discriminating and stable over time.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».