Notice bibliographique
Résumé
We hypothesize that we can exploit what Nature has already evolved by manipulating the alpha-helix molecular recognition scaffold. Therefore, minimalist proteins capable of sequence-specific, high-affinity binding of DNA were generated to probe how proteins are used and can be used to recognize DNA. The already minimal basic region/leucine zipper motif (bZIP) of GCN4 was reduced to an even more simplified structure by substitution with alanine residues-hence, a generic, Ala-based, helical scaffold. The proteins generated, wt bZIP, 4A, 11A, and 18A, contain 0, 4, 11, and 18 alanine mutations in their DNA-binding basic regions, respectively. All alanine mutants still retain alpha-helical structure and DNA-binding function, despite loss of virtually all Coulombic protein-DNA interactions. Mass spectrometry allowed characterization of proteins and post-translational modifications. Fluorescence anisotropy and DNase I footprinting were used to measure in situ binding of these mutant proteins to DNA duplexes containing target sites AP-1 (5'-TGACTCA-3'), ATF/CREB (5'-TGACGTCA-3'), or nonspecific DNA. The roles of van der Waals and Coulombic interactions toward binding specificity and affinity are being investigated. Thus, both DNA-binding specificity and affinity are maintained in all our bZIP derivatives. This Ala-rich scaffold may be useful in design and synthesis of small, alpha-helical proteins with desired DNA-recognition properties.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».