Notice bibliographique
Résumé
We hypothesize that we can exploit what Nature has already evolved by manipulating the alpha-helix molecular recognition scaffold. Therefore, minimalist proteins capable of sequence-specific, high-affinity binding of DNA were generated to probe how proteins are used and can be used to recognize DNA. The already minimal basic region/leucine zipper motif (bZIP) of GCN4 was reduced to an even more simplified structure by substitution with alanine residues-hence, a generic, Ala-based, helical scaffold. The proteins generated, wt bZIP, 4A, 11A, and 18A, contain 0, 4, 11, and 18 alanine mutations in their DNA-binding basic regions, respectively. All alanine mutants still retain alpha-helical structure and DNA-binding function, despite loss of virtually all Coulombic protein-DNA interactions. Mass spectrometry allowed characterization of proteins and post-translational modifications. Fluorescence anisotropy and DNase I footprinting were used to measure in situ binding of these mutant proteins to DNA duplexes containing target sites AP-1 (5'-TGACTCA-3'), ATF/CREB (5'-TGACGTCA-3'), or nonspecific DNA. The roles of van der Waals and Coulombic interactions toward binding specificity and affinity are being investigated. Thus, both DNA-binding specificity and affinity are maintained in all our bZIP derivatives. This Ala-rich scaffold may be useful in design and synthesis of small, alpha-helical proteins with desired DNA-recognition properties.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».