Molecular variability of sunflower downy mildew,<i>Plasmopara halstedii</i>, from different continents
Notice bibliographique
Résumé
Downy mildew of sunflower (Helianthus annuus L.), caused by the pathogen Plasmopara halstedii, is a potentially devastating disease. Seventy-seven isolates of P. halstedii collected in twelve countries from four continents were investigated for RAPD polymorphism with 21 primers. The study led to a binary matrix, which was subjected to various complementary analyses. This is the first report on the international genetic diversity of the pathogen. Similarity indices ranged from 89% to 100%. Neither a consensus unweighted pair group method with arithmetic means (UPGMA) tree constructed after bootstrap resampling of markers nor a principal component analysis based on distance matrix revealed very consistent clusterings of the isolates, and groups did not fit race or geographical origins. Phylogenies were probably obscured by limited diversity. Analysis of molecular variance (AMOVA) and Nei's genetic diversity statistics gave similar conclusions. Most of the genetic diversity was attributable to individual differences. The most differentiated races also had the lowest within-diversity indices, which suggest that they appeared recently with strong bottleneck effects. Our analyses suggest that this pathogen is probably homothallic or has an asexual mode of reproduction and that gene flow among countries can occur through commercial exchanges. Knowledge of the downy mildew populations' structure at the international level will help to devise strategies for controlling this potentially devastating disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».