Metal‐Dependent Polysaccharide Deacetylase <scp>PgaB</scp>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract PgaB is a two‐domain protein responsible for the de‐ N ‐acetylation of poly(β‐1,6‐ N ‐acetyl‐ d ‐glucosamine) ( PNAG ). Many bacteria use deacetylated PNAG ( dPNAG ) as a key extracellular matrix component. De‐ N ‐acetylation is a required modification for polymer export and biofilm formation in Escherichia coli . The N‐terminal domain adopts a (β/α) 7 fold common to the CAZy family‐4 carbohydrate esterases, and exhibits low levels of de‐ N ‐acetylation activity on PNAG oligomers. The de‐ N ‐acetylase active site contains an Asp‐His‐His metal coordination site that can bind various divalent metal cations but has optimal activity with Co 2+ , Ni 2+ , and Fe 2+ . The C‐terminal domain of PgaB adopts a (β/α) 8 fold that is structurally similar to glycoside hydrolases. This domain is proposed to bind PNAG as attempts to display hydrolytic activity have been unsuccessful, but the domain is required for de‐ N ‐acetylation in vivo. Here, we summarize recent advances in the functional characterization of PgaB: the structure, metal specificity, and progress toward inhibitor design.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,012 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».