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Enregistrement W2172486832 · doi:10.1107/s2053230x15016064

Structural analysis of SepL, an enteropathogenic<i>Escherichia coli</i>type III secretion-system gatekeeper protein

2015· article· en· W2172486832 sur OpenAlexafffund
Brianne J. Burkinshaw, Sergio A. Souza, N.C.J. Strynadka

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section F Structural Biology Communications · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEscherichia coli research studies
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesLawrence Berkeley National LaboratoryCiência sem FronteirasCanadian Institutes of Health ResearchCentre for Blood Research, University of British ColumbiaMinistério da EducaçãoHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésSecretionTransloconEffectorType three secretion systemVirulenceEscherichia coliCytoplasmSecretory proteinEnteropathogenic Escherichia coliBiologyCell biologyTransport proteinMicrobiologyType VI secretion systemMembrane proteinInner membraneMembraneBiochemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

During infection, enteropathogenic Escherichia coli assembles a complex multi-protein type III secretion system that traverses the bacterial membranes and targets the host cell membrane to directly deliver virulence or effector proteins to the host cytoplasm. As this secretion system is composed of more than 20 proteins, many of which form oligomeric associations, its assembly must be tightly regulated. A protein called the gatekeeper, or SepL, ensures that the secretion of the translocon component, which inserts into the host membrane, occurs before the secretion of effectors. The crystal structure of the gatekeeper SepL was determined and compared with the structures of SepL homologues from other bacterial pathogens in order to identify SepL residues that may be critical for its role in type III secretion-system assembly.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,935
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,302
Écart entre enseignants0,273 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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