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Enregistrement W2174339930 · doi:10.1186/s13073-015-0247-y

Immunogenomics: a foundation for intelligent immune design

2015· editorial· en· W2174339930 sur OpenAlexaff
Robert A. Holt

Notice bibliographique

RevueGenome Medicine · 2015
Typeeditorial
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
Thématiquevaccines and immunoinformatics approaches
Établissements canadiensCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreSimon Fraser UniversityBC Cancer AgencyUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésImmune systemFoundation (evidence)Computer scienceSystems biologyFunction (biology)Data scienceComputational biologyMedicineBiologyImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The complexity of the immune system is now being interrogated using methodologies that generate extensive multi-dimensional data.Effective collection, integration and interpretation of these data remain difficult, but overcoming these important challenges will provide new insights into immune function and opportunities for the rational design of new immune interventions. Immunogenomics is an information scienceJust by counting, it becomes clear that the adaptive immune system is the biggest source of human genetic variation.Each of us carries four to five million single nucleotide polymorphisms, and the HLA locus, the chromosomal region most dedicated to distinguishing self from non-self, contributes more to this total than any other part of our genome [1].Adding, for each of us, the millions of uniquely randomized T-and B-cell receptor genes that encode our immune repertoires, it becomes apparent that at the level of DNA, immunogenomic profiles are what make us most unique.This diversity is the source of the genetic plasticity that allows us to thrive as individuals and as a species in an environment of persistent yet unpredictable immune challenge.Immunogenomics, however, is not actuarial scienceit is an information science.It is a broad and diversified field that has a long history.With advancing technology, we continue to build on the hard work and remarkable insights that established the fundamental principles and mechanistic underpinnings of the immune system, such as somatic recombination, clonal selection and selftoleranceideas that when first described must have

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,016
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Éditorial · Signal consensuel: Éditorial
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,046

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,016
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,005
Communication savante0,0050,006
Science ouverte0,0030,003
Intégrité de la recherche0,0100,027
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreÉditorial

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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