Quadruplex formation by both G-rich and C-rich DNA strands of the<i>C9orf72</i>(GGGGCC)8•(GGCCCC)8 repeat: effect of CpG methylation
Notice bibliographique
Résumé
Unusual DNA/RNA structures of the C9orf72 repeat may participate in repeat expansions or pathogenesis of amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia. Expanded repeats are CpG methylated with unknown consequences. Typically, quadruplex structures form by G-rich but not complementary C-rich strands. Using CD, UV and electrophoresis, we characterized the structures formed by (GGGGCC)8 and (GGCCCC)8 strands with and without 5-methylcytosine (5mCpG) or 5-hydroxymethylcytosine (5hmCpG) methylation. All strands formed heterogenous mixtures of structures, with features of quadruplexes (at pH 7.5, in K(+), Na(+) or Li(+)), but no feature typical of i-motifs. C-rich strands formed quadruplexes, likely stabilized by G•C•G•C-tetrads and C•C•C•C-tetrads. Unlike G•G•G•G-tetrads, some G•C•G•C-tetrad conformations do not require the N7-Guanine position, hence C9orf72 quadruplexes still formed when N7-deazaGuanine replace all Guanines. 5mCpG and 5hmCpG increased and decreased the thermal stability of these structures. hnRNPK, through band-shift analysis, bound C-rich but not G-rich strands, with a binding preference of unmethylated > 5hmCpG > 5mCpG, where methylated DNA-protein complexes were retained in the wells, distinct from unmethylated complexes. Our findings suggest that for C-rich sequences interspersed with G-residues, one must consider quadruplex formation and that methylation of quadruplexes may affect epigenetic processes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».