The RNAPII-CTD Maintains Genome Integrity through Inhibition of Retrotransposon Gene Expression and Transposition
Notice bibliographique
Résumé
RNA polymerase II (RNAPII) contains a unique C-terminal domain that is composed of heptapeptide repeats and which plays important regulatory roles during gene expression. RNAPII is responsible for the transcription of most protein-coding genes, a subset of non-coding genes, and retrotransposons. Retrotransposon transcription is the first step in their multiplication cycle, given that the RNA intermediate is required for the synthesis of cDNA, the material that is ultimately incorporated into a new genomic location. Retrotransposition can have grave consequences to genome integrity, as integration events can change the gene expression landscape or lead to alteration or loss of genetic information. Given that RNAPII transcribes retrotransposons, we sought to investigate if the RNAPII-CTD played a role in the regulation of retrotransposon gene expression. Importantly, we found that the RNAPII-CTD functioned to maintaining genome integrity through inhibition of retrotransposon gene expression, as reducing CTD length significantly increased expression and transposition rates of Ty1 elements. Mechanistically, the increased Ty1 mRNA levels in the rpb1-CTD11 mutant were partly due to Cdk8-dependent alterations to the RNAPII-CTD phosphorylation status. In addition, Cdk8 alone contributed to Ty1 gene expression regulation by altering the occupancy of the gene-specific transcription factor Ste12. Loss of STE12 and TEC1 suppressed growth phenotypes of the RNAPII-CTD truncation mutant. Collectively, our results implicate Ste12 and Tec1 as general and important contributors to the Cdk8, RNAPII-CTD regulatory circuitry as it relates to the maintenance of genome integrity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».