Distribution of the foliar fungal endophyte <i>Phialocephala scopiformis</i> and its toxin in the crown of a mature white spruce tree as revealed by chemical and qPCR analyses
Notice bibliographique
Résumé
Phialocephala scopiformis Kowalski & Kehr is a foliar fungal endophyte of white spruce (Picea glauca (Moench) Voss) that produces the anti-insect compound rugulosin and other compounds in lower amounts. Seedlings inoculated with this and other toxigenic endophytes have increased tolerance to the spruce budworm Choristoneura fumiferana (Clemens, 1865). The presence of rugulosin in the diet and in needles infected by P. scopiformis reduces the growth rate of the insect. One of 300 white spruce trees inoculated as a seedling in 2001 was chosen to investigate the distribution of P. scopiformis and its principal toxin rugulosin throughout the crown. To facilitate the detection of the fungus in small samples, a qPCR assay was developed based on the ITS region of fungal ribosomal DNA targeting a genetic polymorphism unique to P. scopiformis. The assay was specific, with a method limit of detection 100 ng mycelium per gram needle sample with high reproducibility and accuracy. We found that 11 years after inoculation, P. scopiformis DAOM 229536 and its toxin were detectable in needle samples distributed throughout the crown. Of the 109 samples tested, 100% of the rugulosin-positive samples also tested positive for P. scopiformis DAOM 229536 DNA in the qPCR assay. The mean and median needle rugulosin concentrations were >2 times that required to reduce the growth of spruce budworm.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».