Lack of a significant impact of Gag-Protease-mediated HIV-1 replication capacity on clinical parameters in treatment-naive Japanese individuals
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: HLA class I-associated escape mutations in HIV-1 Gag can reduce viral replication, suggesting that associated fitness costs could impact HIV-1 disease progression. Previous studies in North American and African cohorts have reported reduced Gag-Protease mediated viral replication capacity (Gag-Pro RC) in individuals expressing protective HLA class I alleles including HLA-B*57:01, B*27:05, and B*81:01. These studies also reported significant positive associations between Gag-Pro RCs and plasma viral load (pVL). However, these HLA alleles are virtually absent in Japan, and the importance of Gag as an immune target is not clearly defined in this population. RESULTS: We generated chimeric NL4-3 viruses carrying patient-derived Gag-Protease from 306 treatment-naive Japanese individuals chronically infected with HIV-1 subtype B. We analyzed associations between Gag-Pro RC and clinical markers of HIV-1 infection and host HLA expression. We observed no significant correlation between Gag-Pro RC and pVL in Japan in the overall cohort. However, upon exclusion of individuals expressing Japanese protective alleles HLA-B*52:01 and B*67:01, Gag-Pro RC correlated positively with pVL and negatively with CD4 T-cell count. Our results thus contrast with studies from other global cohorts reporting significantly lower Gag-Pro RC among persons expressing protective HLA alleles, and positive relationships between Gag-Pro RC and pVL in the overall study populations. We also identified five amino acids in Gag-Protease significantly associated with Gag-Pro RC, whose effects on RC were confirmed by site-directed mutagenesis. However, of the four mutations that decreased Gag-Pro RC, none were associated with reductions in pVL in Japan though two were associated with lower pVL in North America. CONCLUSIONS: These data indicate that Gag fitness does not affect clinical outcomes in subjects with protective HLA class I alleles as well as the whole Japanese population. Moreover, the impact of Gag fitness costs on HIV-1 clinical parameters in chronic infection is likely low in Japan compared to other global populations.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».