A TaqMan-Based Multiplex qPCR Assay and DNA Extraction Method for Phylotype IIB Sequevars 1&2 (Select Agent) Strains of Ralstonia solanacearum
Notice bibliographique
Résumé
Ralstonia solanacearum race 3 biovar 2 strains belonging to phylotype IIB, sequevars 1 and 2 (IIB-1&2) cause brown rot of potato in temperate climates, and are quarantined pathogens in Canada and Europe. Since these strains are not established in the U.S. and because of their potential risk to the potato industry, the U.S. government has listed them as select agents. Cultivated geraniums are also a host and have the potential to spread the pathogen through trade, and its extracts strongly inhibits DNA-based detection methods. We designed four primer and probe sets for an improved qPCR method that targets stable regions of DNA. RsSA1 and RsSA2 recognize IIB-1&2 strains, RsII recognizes the current phylotype II (the newly proposed R. solanacearum species) strains (and a non-plant associated R. mannitolilytica), and Cox1 recognizes eight plant species including major hosts of R. solanacearum such as potato, tomato and cultivated geranium as an internal plant control. We multiplexed the RsSA2 with the RsII and Cox1 sets to provide two layers of detection of a positive IIB-1&2 sample, and to validate plant extracts and qPCR reactions. The TaqMan-based uniplex and multiplex qPCR assays correctly identified 34 IIB-1&2 and 52 phylotype II strains out of 90 R. solanacearum species complex strains. Additionally, the multiplex qPCR assay was validated successfully using 169 artificially inoculated symptomatic and asymptomatic plant samples from multiple plant hosts including geranium. Furthermore, we developed an extraction buffer that allowed for a quick and easy DNA extraction from infected plants including geranium for detection of R. solanacearum by qPCR. Our multiplex qPCR assay, especially when coupled with the quick extraction buffer method, allows for quick, easy and reliable detection and differentiation of the IIB-1&2 strains of R. solanacearum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».