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Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster
Marnix H. Medema, Renzo Kottmann, Pelin Yilmaz, Matthew Cummings, John Biggins, Kai Blin, Irene de Bruijn, Yit‐Heng Chooi, Jan Claesen, Roger Coates, Pablo Cruz‐Morales, Srikanth Duddela, Stephanie Düsterhus, Daniel Edwards, David P. Fewer, Neha Garg, Christoph Geiger, Juan Pablo Gomez‐Escribano, Anja Greule, Michalis Hadjithomas, Anthony S. Haines, Eric J. N. Helfrich, Matthew L. Hillwig, Keishi Ishida, Adam C. Jones, Carla S. Jones, Katrin Jungmann, Carsten Kegler, Hyun Uk Kim, Peter Kötter, Daniel Krug, Joleen Masschelein, Alexey V. Melnik, Simone M. Mantovani, Emily A. Monroe, Marcus A. Moore, Nathan A. Moss, Hans‐Wilhelm Nützmann, Guohui Pan, Amrita Pati, Daniel Petras, F. Jerry Reen, Federico Rosconi, Zhe Rui, Zhenhua Tian, Nicholas J. Tobias, Yuta Tsunematsu, Philipp Wiemann, Elizabeth E. Wyckoff, Xiaohui Yan, Grace Yim, Fengan Yu, Yunchang Xie, Bertrand Aigle, Alexander K. Apel, Carl J. Balibar, Emily P. Balskus, Francisco Barona‐Gómez, Andreas Bechthold, Helge B. Bode, Rainer Borriss, Sean F. Brady, Axel A. Brakhage, Patrick Caffrey, Yi‐Qiang Cheng, Jon Clardy, Russell J. Cox, René De Mot, Stefano Donadio, Mohamed S. Donia, Wilfred A. van der Donk, Pieter C. Dorrestein, Seán Doyle, Arnold J. M. Driessen, Monika Ehling‐Schulz, Karl-Dieter Entian, Michael A. Fischbach, Lena Gerwick, William H. Gerwick, Harald Gross, Bertolt Gust, Christian Hertweck, Monica Höfte, Susan E. Jensen, Jianhua Ju, Leonard Katz, Leonard Kaysser, Jonathan L. Klassen, Nancy P. Keller, Ján Kormanec, Oscar P. Kuipers, Tomohisa Kuzuyama, Nikos C. Kyrpides, Hyung-Jin Kwon, Sylvie Lautru, Rob Lavigne, Chia Y. Lee, Linquan Bai, Xinyu Liu, Wen Liu, Andriy Luzhetskyy, Taifo Mahmud, Yvonne Mast, Cármen Méndez, Mikko Metsä‐Ketelä, Jason Micklefield, Douglas A. Mitchell, Leonilde M. Moreira, Rolf Müller, Brett A. Neilan, Markus Nett, Jens Nielsen, Fergal O’Gara, Hideaki Oikawa, Anne Osbourn, Marcia S. Osburne, Bohdan Ostash, Shelley M. Payne, Jean‐Luc Pernodet, Miroslav Petřı́ček, Jörn Piel, Olivier Ploux, Jos M. Raaijmakers, José A. Salas, E. Schmitt, Barry Scott, Ryan F. Seipke, Ben Shen, David H. Sherman, Kaarina Sivonen, Michael J. Smanski, Margherita Sosio, Evi Stegmann, Roderich D. Süßmuth, Kapil Tahlan, Christopher M. Thomas, Yi Tang, Andrew W. Truman, Muriel Viaud, Jonathan D. Walton, Christopher T. Walsh, Tilmann Weber, Gilles P. van Wezel, Barrie Wilkinson, Joanne M. Willey, Wolfgang Wohlleben, Gerard D. Wright, Nadine Ziemert, Changsheng Zhang, Sergey B. Zotchev, Rainer Breitling, Eriko Takano, Frank Oliver Glöckner
Notice bibliographique
RevueNature Chemical Biology · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMicrobial Natural Products and Biosynthesis
Établissements canadiensUniversity of AlbertaMcMaster UniversityMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesLeibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie – Hans-Knöll-InstitutNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institute of General Medical SciencesShanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of SciencesCentro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico NacionalBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilTufts University School of MedicineInstitute for Bioengineering and BiosciencesState Key Laboratory of Microbial MetabolismNovo Nordisk FondenInstitute of Oceanology, Chinese Academy of SciencesKorea Advanced Institute of Science and TechnologyInstitut National de la Recherche AgronomiqueNovartis Institutes for BioMedical ResearchVeterinärmedizinische Universität WienUniversidad de OviedoAdvanced Scientific Computing ResearchUniversidade de LisboaMemorial University of NewfoundlandTurun YliopistoShanghai Jiao Tong UniversityCentre National de la Recherche ScientifiqueUniversity of TokyoUniversität des SaarlandesUniversiteit GentSlovenská Akadémia ViedDeutsches Zentrum für InfektionsforschungAkademie Věd České RepublikyUniversity of PittsburghNational University of IrelandUniversity of New South WalesKU LeuvenDanmarks Tekniske UniversitetKoninklijke Nederlandse Akademie van WetenschappenInstituto Politécnico NacionalChalmers Tekniska HögskolaNational Cancer InstituteAlbert-Ludwigs-Universität FreiburgUniversity of California, San DiegoUniversité Paris DiderotMyongji UniversityUniversity of California, Los AngelesCurtin University of TechnologyRijksuniversiteit GroningenUniversity College CorkUniversity College DublinDirectorate for Biological SciencesKing Abdulaziz UniversityDivision of ChemistryTechnische Universität BerlinUniversity of BristolUniversity of LeedsNederlands Instituut voor EcologieCalifornia State University, ChicoUniversity of Illinois at Urbana-ChampaignWilliam Paterson University of New JerseyGordon and Betty Moore FoundationMcMaster UniversityNovo NordiskOregon State UniversityNational Science FoundationUniversity of MinnesotaUniversité de LorraineUniversity of North TexasUniversity of Arkansas for Medical SciencesSkaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical SciencesHelsingin YliopistoMassey UniversityHokkaido UniversityUniversity of ConnecticutJoint Genome InstituteInstituto Superior TécnicoChinese Academy of SciencesNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekHarvard UniversityFriedrich-Schiller-Universität JenaEnergy Biosciences InstituteCalifornia Institute for Quantitative BiosciencesEngineering and Physical Sciences Research CouncilEuropean CommissionUniversity of AlbertaSouth China Sea Institute of Oceanology, Chinese Academy of SciencesU.S. Department of EnergyUniversity of Wisconsin-MadisonNatural Environment Research CouncilEberhard Karls Universität TübingenPrinceton UniversityLeibniz-GemeinschaftRoosevelt University
Mots-clésGene clusterGeneComputational biologyCluster (spacecraft)BiologyMetabolic pathwayBiological pathwayExploitGeneticsGene expressionComputer science
Résumé
A wide variety of enzymatic pathways that produce specialized metabolites in bacteria, fungi and plants are known to be encoded in biosynthetic gene clusters. Information about these clusters, pathways and metabolites is currently dispersed throughout the literature, making it difficult to exploit. To facilitate consistent and systematic deposition and retrieval of data on biosynthetic gene clusters, we propose the Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster (MIBiG) data standard.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Présentation des résultats · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants1,000
Score d'incertitude au seuil0,022
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Devis d'étudeSans objet
DomainePrésentation des résultats
GenreMéthodes
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations908
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentnon