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Enregistrement W2201580745 · doi:10.1021/acs.analchem.5b01019

Sample-to-Answer Isolation and mRNA Profiling of Circulating Tumor Cells

2015· article· en· W2201580745 sur OpenAlexafffund
Reza M. Mohamadi, Ivaylo Ivanov, Jessica Stojcic, Robert K. Nam, Edward H. Sargent, Shana O. Kelley

Notice bibliographique

RevueAnalytical Chemistry · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Cells and Metastasis
Établissements canadiensUniversity of TorontoSunnybrook Health Science Centre
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchCMC Microsystems
Mots-clésCirculating tumor cellProstate cancerLiquid biopsyImmunostainingGene expression profilingGene expressionProstateComputational biologyChemistryWhole bloodCancer researchGeneCancerPathologyBiologyInternal medicineImmunohistochemistryMetastasisMedicineImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The isolation and rapid molecular characterization of circulating tumor cells (CTCs) from a liquid biopsy could enable the convenient and effective characterization of the state and aggressiveness of cancerous tumors. Existing technologies enumerate CTCs using immunostaining; however, these approaches are slow, labor-intensive, and often fail to enable further genetic characterization of CTCs. Here, we report on an integrated circuit that combines the capture of CTCs with the profiling of their gene expression signatures. Specifically, we use a velocity valley chip to efficiently capture magnetic nanoparticle-bound CTCs, which are then directly analyzed for their gene expression profiles using nanostructured microelectrode biosensors. CTCs are captured with 97% efficiency from 2 mL of whole blood, yielding a 500-fold concentration within 1 h. We show efficient capture of as few as 2 cancer cells/(mL of blood) and demonstrate that the gene expression module accurately profiles the expression of prostate-specific genes in CTCs captured from whole blood. This advance provides the first sample-to-answer solution for gene-based testing of CTCs. The approach was successfully validated using samples collected from prostate cancer patients: both CTCs and prostate-specific antigen (PSA) mRNA sequences were detected in all cancer patient samples and not in the healthy controls.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,024
Score d'incertitude au seuil0,290

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,301
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations37
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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