Transcriptome profiling of bovine inner cell mass and trophectoderm derived from in vivo generated blastocysts
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: This study describes the generation and analysis of the transcriptional profile of bovine inner cell mass (ICM) and trophectoderm (TE), obtained from in vivo developed embryos by using a bovine-embryo specific array (EmbryoGENE) containing 37,238 probes. RESULTS: A total of 4,689 probes were differentially expressed between ICM and TE, among these, 2,380 and 2,309 probes were upregulated in ICM and TE tissues, respectively (P ≤ 0.01, FC ≥ 2.0, FDR: 2.0). Ontological classification of the genes predominantly expressed in ICM emerged a range of functional categories with a preponderance of genes involved in basal and developmental signaling pathways including P53, TGFβ, IL8, mTOR, integrin, ILK, and ELF2 signalings. Cross-referencing of microarray data with two available in vitro studies indicated a marked reduction in ICM vs. TE transcriptional difference following in vitro culture of bovine embryos. Moreover, a great majority of genes that were found to be misregulated following in vitro culture of bovine embryos were known genes involved in epigenetic regulation of pluripotency and cell differentiation including DNMT1, GADD45, CARM1, ELF5 HDAC8, CCNB1, KDM6A, PRDM9, CDX2, ARID3A, IL6, GADD45A, FGFR2, PPP2R2B, and SMARCA2. Cross-species referencing of microarray data revealed substantial divergence between bovine and mouse and human in signaling pathways involved in early lineage specification. CONCLUSIONS: The transcriptional changes occur during ICM and TE lineages specification in bovine is greater than previously understood. Therefore, this array data establishes a standard to evaluate the in vitro imprint on the transcriptome and to hypothesize the cross-species differences that allow in vitro acquisition of pluripotent ICM in human and mice but hinder that process in bovine.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle