Prp4 Kinase Grants the License to Splice: Control of Weak Splice Sites during Spliceosome Activation
Notice bibliographique
Résumé
The genome of the fission yeast Schizosaccharomyces pombe encodes 17 kinases that are essential for cell growth. These include the cell-cycle regulator Cdc2, as well as several kinases that coordinate cell growth, polarity, and morphogenesis during the cell cycle. In this study, we further characterized another of these essential kinases, Prp4, and showed that the splicing of many introns is dependent on Prp4 kinase activity. For detailed characterization, we chose the genes res1 and ppk8, each of which contains one intron of typical size and position. Splicing of the res1 intron was dependent on Prp4 kinase activity, whereas splicing of the ppk8 intron was not. Extensive mutational analyses of the 5' splice site of both genes revealed that proper transient interaction with the 5' end of snRNA U1 governs the dependence of splicing on Prp4 kinase activity. Proper transient interaction between the branch sequence and snRNA U2 was also important. Therefore, the Prp4 kinase is required for recognition and efficient splicing of introns displaying weak exon1/5' splice sites and weak branch sequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».