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MULTIPLE GENE EVIDENCE FOR PARALLEL EVOLUTION AND RETENTION OF ANCESTRAL MORPHOLOGICAL STATES IN THE SHANKS (CHARADRIIFORMES: SCOLOPACIDAE)

2005· article· en· W2235027711 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueOrnithological Applications · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensRoyal Ontario MuseumUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Science Foundation
Mots-clésCharadriiformesPhylogenetic treeBiologyMaximum parsimonyZoologyMitochondrial DNAEvolutionary biologyPhylogeneticsTaxonMaximum likelihoodEcologyGeneGeneticsCladeStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Because systematic studies based on morphology have failed to fully resolve phylogenetic relationships of shanks (Charadriiformes: Scolopacidae), we obtained mitochondrial DNA (6349 bp) and nuclear DNA (1315 bp) sequences from 15 taxa. Using maximum parsimony and Bayesian analysis we show that Catoptrophorus and Heteroscelus are embedded within Tringa, and thus these genera should be merged in Tringa. Phylogenetic analyses of 18 morphological characters resulted in a partly resolved tree, so we mapped them on the molecular phylogeny and reconstructed ancestral states by maximum likelihood. Twelve of the morphological characters are homoplastic or plesiomorphic, and only six are phylogenetically informative, placing Xenus and Actitis outside the remaining genera. The bright yellow and red leg coloration of yellowlegs and redshanks are, respectively, a retained ancestral state and a parallel acquisition. Using a semi-parametric penalized-likelihood approach to correct for rate variation among lineages we estimated that speciation occurred in the Early Miocene-Pliocene. Evidencia Génica Múltipla para la Evolución y la Retención Paralela de Estados Morfológicos Ancestrales en Charadriformes (Scolopacidae) Resumen. Debido a que los estudios de sistemática basados en la morfología no resuelven completamente las relaciones filogenéticas de los Charadriformes (Scolopacidae), obtuvimos secuencias de ADN mitocondrial (6349 bp) y nuclear (1315 bp) para 15 especies. Con base en análisis de máxima parsimonia y Bayesianos demostramos que Catoptrophorus y Heteroscelus están contenidos en Tringa, y así estos géneros deben unirse en Tringa. Análisis filogenéticos de 18 caracteres morfológicos mostraron un árbol parcialmente resuelto, por lo que decidimos rastrearlos en una filogenia molecular usando máxima verosimilitud para reconstruir los estados ancestrales. Doce de los caracteres morfológicos son homoplásticos o plesiomórficos, y sólo seis son filogenéticamente informativos, colocando a Xenus y Actitis fuera de los géneros restantes. La coloración brillante, amarilla y roja de la pierna del género Tringa es, respectivamente, un estado ancestral retenido y una adquisición paralela. Estimamos que la especiación ocurrió a principios del Mioceno y Plioceno usando una aproximación semi-paramétrica de verosimilitud penalizada para corregir la variación en la tasa de substitución del ADN entre los linajes evolutivos.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,708
Score d'incertitude au seuil0,256

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,059
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle