MULTIPLE GENE EVIDENCE FOR PARALLEL EVOLUTION AND RETENTION OF ANCESTRAL MORPHOLOGICAL STATES IN THE SHANKS (CHARADRIIFORMES: SCOLOPACIDAE)
Notice bibliographique
Résumé
Because systematic studies based on morphology have failed to fully resolve phylogenetic relationships of shanks (Charadriiformes: Scolopacidae), we obtained mitochondrial DNA (6349 bp) and nuclear DNA (1315 bp) sequences from 15 taxa. Using maximum parsimony and Bayesian analysis we show that Catoptrophorus and Heteroscelus are embedded within Tringa, and thus these genera should be merged in Tringa. Phylogenetic analyses of 18 morphological characters resulted in a partly resolved tree, so we mapped them on the molecular phylogeny and reconstructed ancestral states by maximum likelihood. Twelve of the morphological characters are homoplastic or plesiomorphic, and only six are phylogenetically informative, placing Xenus and Actitis outside the remaining genera. The bright yellow and red leg coloration of yellowlegs and redshanks are, respectively, a retained ancestral state and a parallel acquisition. Using a semi-parametric penalized-likelihood approach to correct for rate variation among lineages we estimated that speciation occurred in the Early Miocene-Pliocene. Evidencia Génica Múltipla para la Evolución y la Retención Paralela de Estados Morfológicos Ancestrales en Charadriformes (Scolopacidae) Resumen. Debido a que los estudios de sistemática basados en la morfología no resuelven completamente las relaciones filogenéticas de los Charadriformes (Scolopacidae), obtuvimos secuencias de ADN mitocondrial (6349 bp) y nuclear (1315 bp) para 15 especies. Con base en análisis de máxima parsimonia y Bayesianos demostramos que Catoptrophorus y Heteroscelus están contenidos en Tringa, y así estos géneros deben unirse en Tringa. Análisis filogenéticos de 18 caracteres morfológicos mostraron un árbol parcialmente resuelto, por lo que decidimos rastrearlos en una filogenia molecular usando máxima verosimilitud para reconstruir los estados ancestrales. Doce de los caracteres morfológicos son homoplásticos o plesiomórficos, y sólo seis son filogenéticamente informativos, colocando a Xenus y Actitis fuera de los géneros restantes. La coloración brillante, amarilla y roja de la pierna del género Tringa es, respectivamente, un estado ancestral retenido y una adquisición paralela. Estimamos que la especiación ocurrió a principios del Mioceno y Plioceno usando una aproximación semi-paramétrica de verosimilitud penalizada para corregir la variación en la tasa de substitución del ADN entre los linajes evolutivos.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».