Comparative study of Codon usage pattern and compositional distribution between whole genome and virulence gene set of <i>Vibrio cholerae N16961</i>
Notice bibliographique
Résumé
Vibrio cholerae is the pathogenic organism causes cholera, a severe diarrheal disease. Occurs frequently in southern Asia. Vibrio cholerae has both pathogenic and nonpathogenic strains that vary in their virulence gene content. Great variety of strains and biotypes of Vibrio cholerae are found. These varieties are involve in shuffling of different pathogenic factors among them such as receiving and transferring genes for toxins, colonization factors, antibiotic resistance, capsular polysaccharides which giving resistance to chlorine 7 and new surface antigens, such as the 0139 lip polysaccharide and O antigen capsule. Different mode of transfer of these virulence gene i.e. lateral and horizontal transfer by phase, collection of pathogenic genes and other accessory genetic element, pave the way to understand how bacterial pathogen develop its Pathogenicity and become a new strain. To provide a insights into the genetic features and the relationship between the overall codon usage pattern of virulence gene set (VGS).We measure the GC content of VGS which shows that there is no any difference between GC content of whole genome and VGS .It also has been found that GC content shows the similar distribution among the CDS of both whole genome and Virulence gene set. A correlation analysis between the A3s, T3s, G3s, C3s, and GC3s, the ENC values, and the nucleotide contents (A%, T%, G%, C%, and GC %) indicated that mutational bias plays role in shaping the VGS codon usage bias.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».