Les prényltransférases et leurs rôles biologiques chez les pucerons
Notice bibliographique
Résumé
Communication orale pour la session: Morphologie, anatomie, physiologie Les prenyltransferases et leurs roles biologiques chez les pucerons VANDERMOTEN Sophie 1 , CUSSON Michel 2 , FRANCIS Frederic 1 , HAUBRUGE Eric 1 1. Universite de Liege, Gembloux Agro-Bio Tech, Entomologie fonctionnelle et evolutive, Passage des Deportes 2, B-5030 Gembloux, Belgique. 2. Ressources Naturelles Canada, Service Canadien des Forets, Centre de Foresterie des Laurentides, 1055 rue du PEPS, P.O. Box 10380, Stn. Ste-Foy, Quebec, QC G1V4C7, Canada. Les isoprenoides (ou terpenoides) sont presents chez tous les organismes vivants et possedent des structures, des proprietes physiques et chimiques, et des activites biologiques tres diverses. Chez plusieurs ordres d’insectes, des isoprenoides sont impliques dans le developpement, dans les mecanismes de defense et/ou dans la communication chimique. La famille des prenyltransferases est impliquee dans la formation du geranyle diphosphate (GPP, C10), du farnesyle diphosphate (FPP, C15) et du geranylgeranyle diphosphate (GGPP, C20) ; lesquels sont respectivement les precurseurs universels des mono-, sesquiet diterpenes. Chez la vaste majorite des organismes vivants, ces precurseurs sont generes par des prenyltransferases distinctes: une GPP synthase (GPPS), une FPP synthase (FPPS) et une GGPP synthase (GGPPS). Chez le puceron, toutefois, nous avons recemment clone l’ADNc d’une enzyme capable de generer a la fois du GPP et du FPP. Afin d’identifier les substitutions en acides amines responsables de cette double activite GPP/FPP synthase, nous avons genere plusieurs mutants ciblant deux residus du site actif ; ces residus ayant ete choisis sur base de l’analyse comparative des modeles 3D de l’enzyme du puceron et de la FPPS aviaire. Ainsi, nous avons ete en mesure de convertir l’enzyme du puceron en des prenyltransferases generant presqu’exclusivement du GPP ou du FPP. Des analyses de dynamique moleculaire ont permis de demontrer que, contrairement aux prenyltransferases « classiques », chez lesquelles la longueur de chaine des produits formes est principalement controlee par l’encombrement sterique de certains acides amines bordant la cavite catalytique, le mecanisme de regulation chez l’enzyme du puceron semble plus complexe. Si l’encombrement sterique semble egalement jouer un role, la nature des interactions entre les principaux acides amines de la cavite catalytique et notamment la formation de liaisons hydrogene la traversant est un facteur tout aussi determinant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».