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Enregistrement W2257800469 · doi:10.6084/m9.figshare.95629.v1

A Drosophila UAS-R-GECO1 transgenic line

2012· article· en· W2257800469 sur OpenAlexaboutno aff
Iyengar Balaji

Notice bibliographique

RevueFigshare · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAnimal Genetics and Reproduction
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDrosophila (subgenus)Line (geometry)TransgeneBiologyComputer scienceGeneticsMathematicsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

R-GECO1 is a red-shifted calcium indicator (Zhao et al. 2011). Besides being suitable for monitoring the activity of identified GFP-labeled neurons, it could also be useful for optogenetic neural circuit mapping where Chr2 expressing neurons can be activated using blue-light. To apply this new tool in <em>Drosophila</em> neurobiology we have made a UAS-R-GECO1 transgenic stock so that R-GECO1 can be expressed in many different parts of its nervous system using the Gal4/UAS system (Brand and Perrimon 1993). <strong>A.</strong> The coding sequence of R-GECO1 was first PCR amplified from the CMV-R-GECO1 plasmid (donated by Robert Campbell, Univ. of Alberta, Edmonton, Canada) using the following oligos:1.FWD: 5'-GAGAGGTACCAATCAAAATGGTCGACTCTTCACGTCGTAAGTG-3' and REV: 5'-GAGAGGATCCTACTTCGCTGTCATCATTTGTACAAAC-3'. This PCR product [KpnI-AATCAAA-R-GECO-BamHI, ~1.2 kb] was digested with KpnI + BamHI restriction enzymes and subcloned into the KpnI &amp; BamHI sites of the pJFRC14-MCS-attB vector (modified from Pfeiffer et al. 2010). This transgene was targeted for insertion into the <em>Drosophila</em> second chromosome (attP40 site) using the PhiC31 integrase (microinjection by BestGene Inc.). <strong>B. </strong>The expression of R-GECO1 in the larval CNS (middle panel). Flies containing the UAS-R-GECO1 transgene were crossed to the Cha-Gal4, UAS-GFP recombinant line. The CNS of progeny larvae were visualized using an epifluoresence microscope with appropriate optical filter settings. Arrows indicate fluorescence in cell bodies. Br: Brain, VC: ventral cord. <strong>References:</strong> 1. Targeted gene expression as a means of altering cell fates and generating dominant phenotypes. Brand AH, Perrimon N. Development. 1993:401-15. PMID: 8223268 2. Refinement of tools for targeted gene expression in <em>Drosophila</em>. Pfeiffer BD, Ngo TT, Hibbard KL, Murphy C, Jenett A, Truman JW, Rubin GM. Genetics. 2010.186:735-55. PMID: 20697123 3. An expanded palette of genetically encoded Ca²⁺ indicators. Zhao Y, Araki S, Wu J, Teramoto T, Chang YF, Nakano M, Abdelfattah AS, Fujiwara M, Ishihara T, Nagai T, Campbell RE. Science. 2011.1888-91. PMID: 21903779 <strong>Acknowledgements: </strong>Many thanks to the Macleod lab (University of Texas Health Science Center at San Antonio, USA) and the Louis Lab (CRG, Barcelona, Spain) for the excellent support and discussions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,529
Score d'incertitude au seuil0,990

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0110,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,266
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2012
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