Enregistrement W2259815689 · doi:10.1038/nature16996

Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance

2016· article· en· W2259815689 sur OpenAlexafffund

Joshua Quick, Nicholas J. Loman, Sophie Duraffour, Jared T. Simpson, Ettore Severi, Lauren A. Cowley, Joseph Akoi Boré, Raymond Koundouno, Gytis Dudas, Amy Mikhail, Nobila Ouédraogo, Babak Afrough, Amadou Bah, Jonathan H. J. Baum, Beate Becker‐Ziaja, Jan Peter Boettcher, Mar Cabeza-Cabrerizo, Álvaro Camino-Sánchez, Lisa L. Carter, Juliane Doerrbecker, Theresa Enkirch, Isabel García-Dorival, Nicole Hetzelt, Julia Hinzmann, Tobias Holm, Liana E. Kafetzopoulou, Michel Koropogui, Abigael Kosgey, Eeva Kuisma, Christopher H. Logue, Antonio Mazzarelli, Sarah Meisel, Marc Mertens, Janine Michel, Didier Ngabo, Katja Nitzsche, Elisa Pallasch, Livia Victoria Patrono, Jasmine Portmann, Johanna Repits, Natasha Y. Rickett, Andreas Sachse, Katrin Singethan, Inês Vitoriano, Rahel L. Yemanaberhan, Elsa Gayle Zekeng, Trina Racine, Alexander Bello, Amadou Alpha Sall, Ousmane Faye, Oumar Faye, N’Faly Magassouba, C.V. Williams, Victoria Amburgey, Linda Winona, Emily Davis, Jon Gerlach, F Clarke -Washington, Vanessa Monteil, Marine Jourdain, Marion Bererd, Alimou Camara, Hermann Somlaré, Abdoulaye Camara, Marianne Gérard, Guillaume Bado, Bernard Baillet, Déborah Delaune, Koumpingnin Nebié, Abdoulaye Diarra, Yacouba Savane, Raymond Pallawo, Giovanna Jaramillo Gutierrez, Natacha Milhano, Isabelle Roger, Christopher J. Williams, Facinet Yattara, Kuiama Lewandowski, James G. Taylor, Phillip A. Rachwal, Daniel J. Turner, Georgios Pollakis, Julian A. Hiscox, David A. Matthews, Matthew K. O’ Shea, Andrew Johnston, Duncan Wilson, Emma Hutley, Erasmus Smit, Antonino Di, Roman Wölfel, Kilian Stoecker, Erna Fleischmann, Martin Gabriel, Simon A. Weller, Lamine Koivogui, Boubacar Diallo, Sakoba Keïta, Andrew Rambaut, Pierre Formenty, Stephan Günther, Miles W. Carroll

Notice bibliographique

RevueNature · 2016

Typearticle

Langueen

DomaineMedicine

ThématiqueViral Infections and Outbreaks Research

Établissements canadiensPublic Health Agency of CanadaUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research

Organismes subventionnairesDirectorate-General for International Cooperation and DevelopmentMedical Research CouncilSurgical Reconstruction and Microbiology Research CentrePublic Health AgencyWorld Health OrganizationEuropean CommissionGovernment of OntarioDefence Science and Technology LaboratoryNational Institute for Health and Care ResearchPublic Health Agency of CanadaOxford Nanopore TechnologiesAfrican Union

Mots-clésEbola virusGenomeBiologyDNA sequencingEbolavirusWhole genome sequencingNanopore sequencingGenomicsComputational biologyGeneticsOutbreakVirologyGene

DOI10.1038/nature16996

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001

score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002

Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated

Catégories candidatesaucune

Catégories consensuellesaucune

DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune

Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune

GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique

Score de désaccord entre enseignants0,006

Score d'incertitude au seuil0,020

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

Catégorie	Codex	Gemma
Métarecherche	0,001	0,002
Méta-épidémiologie (sens strict)	0,001	0,000
Méta-épidémiologie (sens large)	0,001	0,001
Bibliométrie	0,001	0,001
Études des sciences et des technologies	0,001	0,000
Communication savante	0,001	0,001
Science ouverte	0,001	0,001
Intégrité de la recherche	0,001	0,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)	0,006	0,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017

Tête enseignante GPT0,322

Écart entre enseignants0,305 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail

Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)

Domainenon disponible

GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 555

Publié2016

Routes d'admission2

Résumé présentnon

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