Synthesis, physicochemical and biochemical properties of C3'-modified 2',5'-linked oligonucleotides
Notice bibliographique
Résumé
Oligoribonucleotides comprising of 2',5' -linked internucleotide linkages are known to bind selectively to RNA over DNA. The ability to bind to RNA renders them suitable as probes for many biological applications, such as 'antisense technology'. Little is known about the effect of sugar structure (and conformation) on the binding properties of 2',5'-linked oligonucleotides. To get insight into the role of sugar conformation, 2 ',5'-linked oligonucleotides modified at the C3'-position of the furanose ring were synthesized via solid phase synthesis and their binding to complementary single stranded DNA and RNA was studied. Their application as antisense oligonucleotides was also evaluated. The first analogue studied was the C3'-epimer of 2',5'-linked ribonucleic acids (2 ',5'-RNA), that is, an oligonucleotide in which the ribofuranose sugar is replaced by xylofuranose (2' ,5'-XNA). This was followed by the synthesis and analysis of the C3'-fluorinated xylofuranose analogue (2',5'-FXNA). The sugar conformation in these oligonucleotides are believed to have a very high population of the C3'-endo ('extended') conformation. Consistent with this notion, CD structural studies indicated that 2 ',5,'-linked XNA and FXNA show structural similarities to the 'extended' C2'- endo form of DNA. We found that both 2',5 '-XNA and 2',5'-FXNA bound weakly to complementary single stranded DNA and RNA. Neither of the xylooligomers resulted in RNaseH activated degradation of RNA. The last modified oligonucleotide to be studied was the C3' -fluorinated-2',5'-linked ribonucleic acids (2',5'-FRNA), which has a compact C2'-endo sugar conformation. In contrast to 2',5'-FXNA, 2 ',5'-FRNA bound strongly to complementary oligonucleotides and showed structural similarities to RNA (CD spectroscopy). Our studies showed that it did not cause RNaseH based degradation of RNA. These studies are consistent with the notion that the effect of sugar conformation in 2',5'-oligonucleotides is opposite to that of 3',5'-oligonucleotides. In other words, a C3'-endo sugar conformation in 2',5'-oligomers renders the oligonucleotide as 'extended' and portrays itself equivalent to the 'extended' DNA conformation (which has C2'-endo conformation), whereas a C2'-endo 2 ',5'-oligonucleotide adopts a 'compact' conformation that is equivalent to that seen in 3',5 '-oligonucleotides adopting the C3'- endo pucker (e.g. RNA).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».