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Enregistrement W2276077180 · doi:10.20381/ruor-4350

Identification and Expression Characterization of Surface Proteins for the Detection and Isolation of Listeria monocytogenes

2015· dissertation· en· W2276077180 sur OpenAlexaboutno aff
Cathy Xin Yue Zhang

Notice bibliographique

RevueuO Research (University of Ottawa) · 2015
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueListeria monocytogenes in Food Safety
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésListeria monocytogenesIsolation (microbiology)Identification (biology)Characterization (materials science)MicrobiologyListeriaBiologyComputational biologyChemistryBacteriaMaterials scienceGeneticsNanotechnologyBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Listeria monocytogenes causes a serious foodborne illness (listeriosis) with a fatality rate of about 30% in susceptible individuals (1). Timely identification of foods and food processing environments carrying this deadly bacterium is crucial for implementing effective interventions but remains a practical challenge due to the complexity of test samples, low level of bacterial contamination, and the ubiquity and the genetic diversity of Listeria isolates. The purpose of this work was to identify and assess surface proteins of L. monocytogenes that can serve as diagnostic biomarkers for pathogen isolation and detection using antibody-based methods. Bioinformatics analysis of 130 putative surface proteins encoded by the genome of L. monocytogenes F2365 (serotype 4b) revealed four uncharacterized proteins with extensive amino acid sequences unique to L. monocytogenes. These proteins did not contain identifiable PrfA-controlled promoter elements. The four proteins were expressed at the transcriptional level in vitro, as demonstrated by RT-PCR, but only one of the four proteins, LMOf2365_0639, was detected on the cell surface by immunofluorescence microscopy (IFM) using rabbit polyclonal antibodies (PAbs) raised against corresponding recombinant proteins. Transcription start site mapping and promoter prediction analysis provided evidence that the LMOf2365_0639 gene was expressed under the control of a sigma B factor-dependent promoter, an alternative sigma factor involved in stress response. Non-gel based proteomics analysis of L. monocytogenes surface proteins identified 36 surface proteins in at least one of the three trials performed. IFM with PAbs raised against each of the five candidate surface proteins identified from the proteomics study revealed a strong fluorescence signal on the surface of live L. monocytogenes cells with LMOf2365_0148 specific PAbs, indicating a good level of expression of this protein. These results suggested the potential of the surface proteins LMOf2365_0639 and LMOf2365_0148 as diagnostic biomarkers for L. monocytogenes. Thirty-five and 24 monoclonal antibodies (MAbs) were developed against purified recombinant LMOf2365_0639 and LMOf2365_0148, respectively. Three MAbs against LMOf2365_0639 and five MAbs against LMOf2365_0148 were selected and evaluated for their potential in L. monocytogenes detection and isolation based on the observation that these MAbs recognized the highest number of the 53 L. monocytogenes isolates and the lowest number of the 10 other Listeria species isolates tested. None of these MAbs reacted with the four foodborne pathogens (Campylobacter jejuni, Samonella enterica serovar Typhimurium, Escherichia coli O157:H7 and Bacillus cereus) tested. All three MAbs to LMOf2365_0639 were specific for lineage I and II isolates of L. monocytogenes commonly found in clinical and food isolates respectively and recognized the N-terminal region of LMOf2365_0639. Anti-LMOf2365_0148 MAbs were reactive to lineage I and lineages III L. monocytogenes isolates commonly found in clinical and animal isolates respectively. Both LMOf2365_0639 and LMOf2365_0148 were expressed in standard enrichment culture conditions according to Health Canada’s MFHPB-30 and MFHPB-07 methods. In addition, MAbs against LMOf2365_0148 could specifically isolate live L. monocytogenes by immunomagnetic separation even in a mixture of L. monocytogenes and non-target L. innocua. The dissociation constants of the MAbs capable of capturing L. monocytogenes ranged from 2.58 x 10-8 M to 8.87 x 10-10 M. In conclusion, two novel surface proteins LMOf2365_0639 and LMOf2365_0148 were identified, were shown to be expressed in L. monocytogenes grown in standard selective enrichment cultures, and can be explored as surface biomarkers for the isolation and detection of L. monocytogenes with specific MAbs developed in this study.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,091
Tête enseignante GPT0,353
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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