Dehalogenimonas sp. Strain WBC-2 Genome and Identification of Its <i>trans</i> -Dichloroethene Reductive Dehalogenase, TdrA
Notice bibliographique
Résumé
The Dehalogenimonas population in a dechlorinating enrichment culture referred to as WBC-2 was previously shown to be responsible for trans-dichloroethene (tDCE) hydrogenolysis to vinyl chloride (VC). In this study, blue native polyacrylamide gel electrophoresis (BN-PAGE) followed by enzymatic assays and protein identification using liquid chromatography coupled with mass spectrometry (LC-MS/MS) led to the functional characterization of a novel dehalogenase, TdrA. This new reductive dehalogenase (RDase) catalyzes the dechlorination of tDCE to VC. A metagenome of the WBC-2 culture was sequenced, and a complete Dehalogenimonas genome, only the second Dehalogenimonas genome to become publicly available, was closed. The tdrA dehalogenase found within the Dehalogenimonas genome appears to be on a genomic island similar to genomic islands found in Dehalococcoides. TdrA itself is most similar to TceA from Dehalococcoides sp. strain FL2 with 76.4% amino acid pairwise identity. It is likely that the horizontal transfer of rdhA genes is not only a feature of Dehalococcoides but also a feature of other Dehalococcoidia, including Dehalogenimonas. A set of primers was developed to track tdrA in WBC-2 subcultures maintained on different electron acceptors. This newest dehalogenase is an addition to the short list of functionally defined RDases sharing the usual characteristic motifs (including an AB operon, a TAT export sequence, two iron-sulfur clusters, and a corrinoid binding domain), substrate flexibility, and evidence for horizontal gene transfer within the Dehalococcoidia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».