P1‐058: Genome‐wide association study in PET imaging longitudinal data
Notice bibliographique
Résumé
Alzheimer's disease (AD) is a complex disease in which the quest for causative genes has been challenging. In this search, genome-wide studies (GWAS) have been a valuable tool, being able to investigate, through thousands of markers, associations with the disease or with its endophenotypes. However, GWAS analyses almost always use cross-sectional data. Despite the adversities of obtaining and analyzing longitudinal data, the information about the disease progress can be of great importance. For this reason, we have searched for genetic markers associated with changes in brain amyloid (Aβ) load and glucose uptake. [F]Florbetapir positron emission tomography (PET) imaging was employed to assess brain Aβ levels in 412 participants from the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative, whilst glucose uptake was measured using [F]fludeoxyglucose PET (FDG) in 419 subjects from the same cohort. The genotypes were obtained with IlluminaHumanOmni2.5 beadchip. After quality control in both imaging and genetic data, a GWAS was performed. The phenotypes used were the differences between global SUVR in the baseline and 24 months follow-up of [F]florbetapir and FDG. Covariates as diagnostic status and baseline SUVR were added in the genetic analysis. The Bonferroni threshold of genome-wide significance is 3.9x10. Values higher then 3.9x10 but less then 10were considered trends of association. None of the SNPs reached genome-wide significance, however trends of association are reported here (Figure 1). Aβ accumulation shows a trend with 24 markers from 15 genes, in which probably the most relevant, and significant, is PLCH1. Brain hipometabolism indicate trend associations with 21 markers from 8 genes. The genes TTC39B and NRP1were the most significant. A) Quantile-quantile plot of [F]florbetabir GWAS. B) Manhattan plot [F]florbetabir GWAS. Red line represents the trend threshold of significance. C) Quantile-quantile plot of FDG GWAS. D) Manhattan plot FDG GWAS. Red line represents the trend threshold of significance. The major genes reported to be associated with AD were not found in the present study. Interestingly, Aβ accumulation seems to be related to the PLCH1 gene, which encodes for a phospholipase-C family-member. Phospholipases are important enzymes with key roles in cell signaling. Another relevant result may be the association of hypometabolism with the TTC39B gene. Its function is not clear, however this gene has been related to lipid metabolism. Further studies with bigger sample size would be necessary to confirm present results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,027 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».