Crystal structure of histo‐aspartic protease (HAP) from <i>Plasmodium falciparum</i>
Notice bibliographique
Résumé
Histo‐aspartic protease (HAP) from Plasmodium falciparum is involved in hemoglobin degradation by the parasite, and thus offers a promising target for antimalarial drug development. The crystal structures of the recombinant HAP, as apoenzyme and complexes with two inhibitors, pepstatin A and KNI‐10006, have been solved at 2.5, 3.3, and 3.0 Åresolution, respectively. In the apoenzyme crystals HAP forms a tight dimer, not seen before in any aspartic proteases, with the flaps that cover the active sites (residues 70‐83) adopting an open conformation. Unexpectedly, the active site of the apoenzyme was found to contain a zinc ion tightly bound to the two active site residues, His32 and Asp215 from one monomer, and to Glu278A from the other monomer, with the coordination resembling its counterparts in metalloproteases. The flap is closed in the structure of pepstatin A complex and Lys76, uniquely present at the tip of the flap in HAP, interacts with the inhibitor. The observed mode of binding of pepstatin A in the HAP active site disproves the previously proposed hypothesis that HAP is a serine protease. The binding mode of KNI‐10006 to HAP is very unusual compared to other members of the KNI series binding to aspartic proteases. The novel features of the active site of HAP should allow designing specific inhibitors that could be developed into antimalarial drugs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».