Exploring the Mechanism of Acyl Carrier Protein Interactions and Acyl Transfer
Notice bibliographique
Résumé
As an essential protein in bacterial fatty acid synthesis, acyl carrier protein (ACP) is an attractive anti‐microbial drug target. The three‐dimensional structure of ACP is comprised of three main parallel α–helices, which create a hydrophobic binding pocket that encloses a fatty acyl chain when attached. ACP interacts with most partner enzymes through the acidic helix II, but the exact mechanism of interaction and acyl transfer to a partner enzyme is poorly understood. For acyl transfer to occur, we hypothesize that a conformational change is required. To examine this requirement, we have analyzed a cyclic version of Vibrio harveyi ACP created by split‐intein technology (Volkmann, et al . (2010) JBC 285 : 8605) using molecular dynamics, mass spectrometry, tryptophan fluorescence, and other biophysical techniques. We have demonstrated that cyclic ACP is more thermodynamically stable than wild‐type linear ACP. Furthermore, we show that cyclic ACP is able to act as a substrate for holo‐ACP synthase, yielding a cyclic ACP capable of carrying fatty acids. (Supported by NSERC and an NSHRF Student Research Award)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».